Die Instandhaltung und Neuanschaffungen von Geräten werden teils aus zentralen Mitteln und teils aus Mitteln der Fachbereiche Biologie, Chemie und Geowissenschaften (FB 8, Fachgebiet Biologie), Agrarwissenschaften, Ökotrophologie und Umweltmanagement (FB 9), Veterinärmedizin (FB 10) und Humanmedizin (FB 11) finanziert.  Institutsangehörige, Diplomanden, Doktoranden und registrierte Gastforscher der genannten Fachbereiche haben dafür ein Recht auf kostenfreie Inanspruchnahme der Einrichtung. Die ZBB vergibt Laborplätze und legt Benutzungszeiten fest. Mitglieder anderer Fachbereiche, Firmen und außeruniversitäre Institutionen können für eine Gebühr ebenfalls in der ZBB arbeiten.

Ein Nutzerrat erstellt Entwicklungs- und Investitionspläne für die ZBB und schreibt sie jährlich fort. Er wirkt auch bei Stellenbesetzungen mit. Der Nutzerrat besteht aus dem Präsidenten, bzw. dem Kanzler als seinem Vertreter, Fachvertretern der Fachbereiche 8 bis 11 und  dem Leiter der ZBB; der geschäftsführende Direktor des Strahlenzentrums wirkt im Nutzerrat beratend mit.