Damals stellte der hessen-darmstädtische Landgraf anlässlich eines Wechsels im Amt des Syndikus der Universität  die Forderung auf, dem neuen Amtsinhaber die Universitätsakten auszuhändigen. Wo diese gelagert wurden, wissen wir leider nicht. Der Aufbewahrungsort der Universitätsakten bleibt für weit über zwei Jahrhunderte im Dunkeln.

Erst für Anfang des 20. Jahrhunderts geben die Quellen wieder Auskunft: Nach der Fertigstellung eines neuen Bibliotheksgebäudes der Universität im Jahre 1906 wurde ein Teil des älteren Aktenmaterials dort gelagert. Damit etablierte sich erstmals ein eigentliches Universitätsarchiv, das abgetrennt von Kanzlei und Sekretariat vorrangig wissenschaftlichen Zwecken dienen sollte. Diese Einrichtung kann als Vorgängerin des heutigen Archivs gesehen werden.

Die Einbindung des Archivs in den Verwaltungsverbund der Universitätsbibliothek (UB) wurde 1933 durch einen Erlass des Hessischen Ministers für Kultus und Bildungswesen bekräftigt, in dem der Verbleib des Universitätsarchivs an seinem bisherigen Standort angeordnet wurde. Als die Universitätsbibliothek am 11. 12. 1944 durch einen Bombenangriff völlig zerstört wurde, erlitt auch das in ihren Räumen untergebrachte Archivgut schwere Schäden. Glücklicherweise war ein Großteil der Aktenbestände rechtzeitig ausgelagert worden und konnte so gerettet werden. Im Bombenhagel vernichtet wurden vor allem Unterlagen aus dem 19. Jahrhundert, darunter eine Reihe von Personalakten und eine große Anzahl von Promotionsakten.

Nach dem Zweiten Weltkrieg verblieb das Universitätsarchiv innerhalb der Verwaltung der Universitätsbibliothek. Erst mit der Einstellung einer Beamtin des höheren Archivdienstes im Jahr 1986 erfolgte die Verselbständigung des Universitätsarchivs, das von nun an mit zwei festen Personalstellen als Teil der zentralen Verwaltung der Justus-Liebig-Universität Gießen geführt wurde.

Seit diesem Zeitpunkt hat sich das Universitätsarchiv Gießen zu einer modernen Dienstleistungseinrichtung entwickelt, die in der Lage ist, flexibel auf die vielfältigen Anforderungen des Hochschulbetriebs zu reagieren. Mit wachsendem Bekanntheitsgrad wuchs auch der Umfang der archivierten Bestände, der heute ca. 2.000 Regalmeter beträgt (1986: ca. 350 Regalmeter). Dieses Material stellt das kollektive Gedächtnis der Universität Gießen über nunmehr 400 Jahre dar und bildet das Fundament jeder Forschung, die sich mit der Geschichte der Universität und ihrer Mitglieder befassen will.