Ziel der Vereinbarungen zwischen dem Präsidium und den Fachbereichen und Zentren ist die Förderung der Profilbildung im Sinne einer die gesamte Universität betreffenden Schwerpunktsetzung im Zusammenhang mit Entwicklungs- und Strukturplanungen der Hochschule und des Landes. Mit ihnen sollen Verbesserungsmöglichkeiten der Fachbereiche im Bereich der Kernaufgaben definiert und durch konkrete Zielsetzungen umgesetzt werden.

Das interne Zielvereinbarungsverfahren an der JLU wurde in Anlehnung an das Verfahren zwischen Land und JLU konzipiert, ist jedoch thematisch gesehen weniger umfassend. Die Zielvereinbarungen an der Justus-Liebig-Universität weisen ein Leistungsspektrum auf, das über die Bereiche Lehre, Forschung, Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses und den Wissens- und Technologietransfer bis hin zur Gleichstellung sowie der Internationalisierung reicht. Zusätzlich werden Aussagen zu fachlichen und strukturellen Entwicklungszielen sowie zu Qualitätsmanagement und Evaluation gemacht.

Das Zielvereinbarungsmodell der Justus-Liebig-Universität Gießen kann sich im bundesweiten Kontext gut behaupten. Neben der Beteiligung an einer bundesweiten Befragung  der HIS (Hochschul-Informations-System) zur Formelgebundenen Mittelvergabe und Zielvereinbarungen als Instrumente der Budgetierung an deutschen Universitäten konnte dies aus einem weiteren Projekt der HIS geschlossen werden: „Leistungsorientierte Budgetierung an Hochschulen und Fakultäten: Analyse der Umsetzung anhand konkreter Fallbeispiele. An diesem Projekt war die JLU als Mitglied der Steuerungsgruppe und Pilotuniversität beteiligt.

Der erste Zielvereinbarungsprozess wurde im Jahr 2003 abgeschlossen. Im Jahr 2005 wurden die Zielvereinbarungen aller Fachbereiche evaluiert und kleinere Modifikationen an dem Zielvereinbarungsmodell vorgenommen, um das Instrument optimal auszurichten. Zurzeit werden bereits zum dritten Mal interne Zielvereinbarungen zwischen Präsidium und den Fachbereichen bzw. Zentren vorbereitet.