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Mehr: T. Hain

PD Dr. Torsten Hain
komm. Institutsleiter für Forschung und Lehre

Leiter der Arbeitsgruppen

  • Funktionelle Genomanalyse bei pathogenen Bakterien
  • Mikrobiom-Metagenomik
  • Molekulare Diagnostik in der klinischen Mikrobiologie (mit PD Dr. Can Imirzalioglu)



Tel.: +49 (0)641–99 39860
Fax: +49 (0)641–99 41259

 

 

Forschung

 

Die Arbeitsgruppe von Herrn PD Dr. Hain beschäftigt sich mit der funktionellen Genomanalyse pathogener Bakterien. Hierunter fällt auch der Schwerpunkt der genomweiten Analyse von kleinen nicht-kodierenden RNAs und deren Rolle in der Genregulation bei grampositiven Bakterien. Sie konzentriert sich dabei auf das humanpathogene Bakterium Listeria monocytogenes als Modellorganismus mit einem systembiologisch ausgerichteten Ansatz. Herr PD Dr. Hain arbeitet auf den Gebieten der komparativen Genomik, Transkriptomik und Metagenomik und setzt „Next Generation Sequencing (NGS)“ als integralen Bestandteil seiner Arbeit ein. Darüber hinaus verfügt die Arbeitsgruppe über umfassende Expertise auf dem Gebiet der funktionellen Genanalyse bzgl. Wirt-Pathogen-Interaktion und in der komparativen Genomik von Listerien. Herr PD Dr. Hain kann auf eine langjährige Erfahrung auf den Arbeitsgebieten der Pathogenomik und molekularen Mikrobiologie mit den Schwerpunkten bakterielle und virale Genomsequenzierungen, SigB-Regulon, universelle Stressproteine oder intrazelluläres Überleben von Listerien im infizierten Wirt wie auch genomische Epidemiologie durch NGS bzw. mikrobielle Bioinformatik zurückblicken.

 

Aktuelle Forschungsprojekte

  • KFO 309: Virus-induzierte Lungenverletzung: Pathobiologie und neue Therapiestrategien (DFG)
    Projekt Z1: Core unit Genom Signaturen und integrierte Systembiologie der Pathogen-Wirts-Interaktionen und zellulärer Nachweis in der infizierten und geschädigten Lunge
  • SFB 1021 - RNA-Viren: Metabolismus viraler RNA, Immunantwort der Wirtszellen und virale Pathogenese (DFG)
    Plattform Z02: Zentrale Serviceeinheit für Quasispecies-Genomsequenzierung und Virus-Wirt-Transkriptomanalyse
  • Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) (BMBF)
    R-Net 2.0
    MD-Programm: Prävalenzstudie zur Mikrobiom- und Antibiotikaresistenzentwicklung bei Kindern mit Morbus Crohn
  • SFB-TRR 84: Angeborene Immunität der Lunge (DFG)
    TP B08: Peptidoglykan-Erkennungsproteine (PGLYRSPs) als Regulatoren der angeborenen Immunität in der Lunge
  • LOEWE-Diffusible Signale (HMWK)
    Teilprojekt B3 "Interspezies-Kommunikation durch diffusible Signale"

 

Beendete Forschungsprojekte

  • LOEWE Medical RNomics (HMWK)
    TP B03: Das humanpathogene Bakterium Listeria monocytogenes als Modellorganismus zur Entwicklung von PNA-basierenden antisense sRNA-Therapeutika
  • ERA-NET PathoGenoMics "sncRNomics" (EU/BMBF)
    Vergleichende Hochdurchsatz-Genomanalyse in wichtigen grampositiven Bakterien
    (Verbundkoordinator)

 

Mitglieder der Arbeitsgruppe

 

Wissenschaftliche und Technische Mitarbeiter/innen

  • Alexandra Amend
  • Benjamin Ott

Doktorandinnen und Doktoranden

  • Karin Margareta Fetter
  • Jan-Paul Herrmann
  • Sapir Jelin-Uhlig
  • Kassandra Komma
  • Markus Weigel

Alumni

  • Daniel Kopitziok
  • Tilman Schultze
  • Xiaoxing Qing
  • Cäcilia Werth

Publikationen

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Patente

Dominguez-Bernal G, Glaser P, Vazquez-Boland JA, Perez-Diaz JC, Entian KD, Berche P, Baquero F, Hauf J, Hain T; Gomez-Lopez N; Kaerst U, Garcia del Portillo F, Chakraborty T, Chetouani F, Domann E, Maduenio E, Dussurget O, Kreft J, Goebel W, Rose M, Kunst F, Ng E, De Pablos B, Cossart P, Nedjari H, Wehland J, Kuhn M, Daniels J, Buchrieser C, Garrido-Garcia P, Charbit A, Couve E, Frangeul L, Amend A, Tierrez-Martinez A, Durant L, Fsihi H, Rusniok C, Dehoux P, Voss H. Listeria monocytogenes genome, polypeptides and uses. CA000002404988A1, 18.10.2001.

 

Lehre

Lehrveranstaltungen im Fachbereich 11 Medizin

  • Vorklinik (1. Semester)
    Biologie für Mediziner

    Vorlesung und Praktikum, bakteriologischer Teil

  • Klinik (5. Semester)
    Medizinische Mikrobiologie
    Praktikum
    Wahlfach "Infektionsepidemiologie"
    Vorlesung "Genombiologie pathogener Erreger"

  • Seminar
    Aktuelle Themen der Infektionsbiologie
  • Seminar und Praktikum
    Einführung in die experimentelle bakterielle Genomforschung
    (Gießener Graduiertenzentrum Lebenswissenschaften [GGL])
  • Lehrveranstaltungen im Fachbereich 08 Biologie
  • Studiengang Systembiologie und Bioinformatik (Master) (1. Semester)
    Einführung in die Schwerpunkte des Studiengangs - Molekulare Systembiologie M-BS1-ES (2)
    Genomikvorlesung
    Genomikseminar/-übung

Studiengang Systembiologie und Bioinformatik (Master) (2. Semester)

  • Molekulare Systembiologie M-BS2-S2A
    Genomikvorlesung
    Genomikseminar
    Genomikpraktikum

Lehrveranstaltungen im Fachbereich 04 Krankenhaus- und Medizintechnik, Umwelt- und Biotechnologie (LSE) / Technische Hochschule Mittelhessen (THM) als Lehrauftrag

  • Master-Vorlesung Genomics/Proteomics
    Vorlesungsteil Genomics

Lehrveranstaltungen im Fachbereich 06 Mathematik, Naturwissenschaften und Informatik (MNI) / Technische Hochschule Mittelhessen (THM) als Lehrauftrag

  • Next Generation Sequencing-Praktikum
    Blockpraktikum mit Seminar