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BSc and MSc theses

Summary of diploma, bachelor and master theses.

The following list contains all diploma, bachelor and master theses that were co-supervised by Alexander Goesmann. All theses from 2007 until 2013 were conducted within the junior research group for Computational Genomics at Bielefeld University.

NameTopicYearDegree
Peter Belmann Entwicklung eines grafischen Assistenten zur Konfiguration und Ausführung von Conveyor-Workflows in der MGX-Plattform für Metagenomanalysen 2012 BSc
Dominik Vahrenhorst Ein Java-basiertes Framework für komparative Genomanalysen basierend auf EDGAR 2012 MSc
Julien Alban Nguinkal Development and Evaluation of Analysis Pipelines for the High-Throughput Identification of Posttranslationally Modified Proteins 2013 BSc
Evgeny Anisiforov Bioinformatische Analyse der posttranskriptionalen Modifikation von RNA-Molekülen bei Prokaryoten im Rahmen von RNA-Seq-Experimenten 2013 MSc
Ngoc Vinh Tran Genome annotation and metabolic pathway reconstruction of Actinoplanes sp. SE50/110 based on comparative genome analysis 2013 MSc
Margarita Steinhauer Komparative Analyse von SNP Daten aus Resequenzierungen 2014 MSc
Tobias Zimmermann Ein neues Tool zum Vergleich von ChIP-Seq Daten, die in ENCODE zur Verfügung stehen 2014 MSc
Amadeus Scot Walentek Automatisierte und benutzerfreundliche Softwarelösung für Bootstrapping Analysen phylogenetischer Bäume 2015 BSc
Kai Goldbeck Implementierung einer Antibiotikaresistenzanalyse bei Bakterien 2015 BSc
Pierre Delpy Qualitätskontrolle, Validierung und Vergleich von bakteriellen Genomassemblierungen 2015 BSc
Simon Tiado Stahl Identifikation von Plasmiden im Bakteriengenom 2015 BSc
Sven Förster Implementierung einer Software zur automatischen Identifikation von Phagen-Insertionen in mikrobiellen Genomen 2015 BSc
Tobias Juhre GAP-Wrap ein Wrapper Skript für die Annotationspipeline 2015 BSc
Arne Schaprian Integration of the workflow systems Convyor and Galaxy 2015 MSc
Carolin Christof Infektionsorientierte Genom- und RNA Biologie von Listeria monocytogenes 2015 MSc
Dominikque Natascha Gruber Entwicklung eines Tools zur Erzeugung zirkulärer Plots in Galaxy 2016 BSc
Jascha Gianlucca Schrader Erweiterte bioinformatische Analyse von Singleton-Genen in der EDGAR-Plattform 2016 BSc
Lion Müller Integration eines Galaxy-Werkzeugs zur grafischen Darstellung von Genom-Daten 2016 BSc
Elmarce Bounda Ndinga "Funktionelle Charakterisierung von Meta'OMICS Sequenzdaten mittels ""Gene Set Enrichment""-Strategie" 2016 MSc
Patrick Blumenkamp Entwicklung eines Moduls zur Evaluation von Klassifikationstools im Rahmen der MGX-Plattform 2016 MSc
Alexander Klein Visualisierung von Genexpressionsdaten mittels Circos 2017 BSc
Andre Brezski Die metagenomische Analyse von Pygoscelis papua-Kotproben 2017 BSc
Arsenij Ustjanzew Identifikation von zirkulären RNAs mit der Funktion als MicroRNA Schwamm 2017 BSc
Hermann Finke Implementierung eines webbasierten User Interfaces zur dynamischen Präsentation von Proteinsequenz-Annotationsergebnissen 2017 BSc
Patrick Hanel Bioinformatische Lösung zur systematischen Datenextraktion von NCBI Sequenzdaten 2017 BSc
Philipp Goymann Etablierung einer Annotationspipeline zur Charakterisierung von Proteinen 2017 BSc
Sonja Johanna Kirch Bioinformatische Analyse von DNA-Sequenzdaten aus dem Kost des Pygoscelis papua 2017 BSc
Andreas Hoek Skalierbare Analyse bakterieller Genome in der Cloud mittels ASA³P 2017 MSc
Anna Bauer Entwicklung eines Analysemoduls zur Identifizierung geeigneter molekularer Therapien für solide Tumoren anhand von Next Generation Sequencing Daten (DIST - Drug Identification Programmf or Solid Tumors) 2017 Msc
Lisa Ehrlich Entwicklung einer flexiblen Visualisierung für funktionelle Genomannotationsdaten von verschiedenen Tools und Datenbanken 2017 MSc
Marius Dieckmann A cloud capable new calculation backend for the EDGAR platform using Apache Spark 2017 MSc
Martin Schneider Entwicklung bioinformatischer Mthoden zur Massenspektrometrie basierten Identifikation von Protease Zielmolekülen und Strukturinformationen 2017 MSc
Nina Hofmann Entwicklung eines bioinformatischen Workflows zur Untersuchung der genomischen Variabilität in Coronaviren 2017 MSc
Patrick Barth Implementierung und Benchmarking eines neuen Verfahrens zur Extraktion von Plasmidcontigs aus Draft Assemblies 2017 Msc
Tobias Juhre Aminosäurerest Pseudopotentiale, SNP Annotation mittels 3D-Struktur 2017 MSc
Davin Schneider Annotation von vielen ähnlichen Genomen 2018 BSc
Johannes Stoltz Nukleinsäuresequenzierungstczhniken zur Qualitätskontrolle von rekombinanten Säugetierzellbänken 2018 BSc
Julian Hahnfeld Methoden und Visualisierung zur komparativen Analyse von SNP-Häufigkeiten in Hochdurchsatz-Sequenz-Daten 2018 BSc
Marvin Fenßel Lokaler Datenbanklookup für das dbxref Tool 2018 BSc
Mina Eskander Graphische Darstellung atuomatisch extrahierter Sequenz-Features aus verschiedenen genomischen Untergruppen 2018 BSc
Mykhaiolo Krolevets Analyse der Funktion mRNA-bindende Proteine in der mRNA-Stabilität mittels Computer-schützte Auswertung Transkriptom-weite Datensätze 2018 BSc
Peter Vajs Entwiklung eines Tools für die Ermittlung der Kapazitätsauslastung bei Bioinformatischen Programmen 2018 Bsc
Robin Ackermann EggNOG in PSOT: Proteinannotation mit Hilfe des eggNOG-Mappers 2018 Bsc
Sebastian Beyvers Analyse der Performancecharakteristika binärer Dateiformate genomischer Daten 2018 BSc
David Parzych Implementierung und Beurteilung einer Auswertungspipeline für bakterielle, klinische NanoPore MinION Sequenzierdaten unter Verwendung geringer Rechenressourcen 2018 Msc
Ebru Özmen Qualitätskontrolle von single-cell RNA Sequenzdaten 2018 MSc
Julian Winter Implementation of a flexible infrastructure for house made software by making use of Docker containers and a Kubernetes cluster 2018 Msc
Katharina Maibach Entwicklung einer interaktiven Software zur Visualisierung von single-cell Analysen 2018 MSc
Lion Daniel Vincent Müller Verbesserung der Genomreferenzsequenz / Genomassemblierung der kurzlebigen Fischspezies Nothobranchius furzeri mittls Long-Read-Sequenziertechnologien 2018 MSc
Lisa Lüer Klassifikatoin der AML mittels Clusteranalysen von Transkriptomdaten 2018 Msc
Marc Dichmann Establishing a Web Platform for Structuring, Storing and Managing Biological Experimental Data 2018 Msc
Mark Robin Greim Hin zu einem verlässlichen, nutzerfreundlichen und effektiven Datenbanksystem für Biodiversitätssammlungsdaten 2018 MSc
Müller Heiko Integration of Tera-BLAST into the de.NBI cloud 2018 MSc
Richard 1 Temena Tekeng Erstellung einer Methode zur Detektion von Fusionsereignissen anhand einer eigenen Datenbank und de novo Analyse 2018 MSc
Robin Schmidt Entwicklung und Implementierung einer Methode zum Verknüpfen von Contigs in einem Transkriptom-Assembly 2018 Msc
Sebastian Wehner Machine learning algorithms for chemical element prediction in mass spectrometry signals 2018 MSc
Svenja Kristina Beck multimodalR: Detection and evaluation of multimodal gene expression in large-scale cancer data sets 2018 MSc
Thanh Hung Dang Integrative Analysis of Pan-Cancer Omics' Datasets 2019 MSc
Thorsten Köchling Design und Implentierung eines nichtrelationalen Datenmodells für Omics Fusin, einer integrativen Softwareplattform für die Analyse von Omics Daten 2018 Msc
Ulrich Purath ASA3P-Annotator: Ein Tool zur genomischen Annotation von Prokaryoten auf der Basis von Proteinclustern 2018 Msc
You Zhou HD Motif Finder: A New Word-based Approach for DANN Motif Discovery 2018 MSc
Dimitri Fichou Hardware and Software Solution for Planar Chromatography 2018 PhD
Kai Schmid PARrOT: Pathway pReditiOn by mulTimodal genes 2019 MSc
Christelle Ngueda-Kemda Development of a web-based databse for bacterial genome information 2019 MSc
Stefan Aldho Candra The Creation and Implementation of a plotting library as Quality Control and Quality Assessment Measures in Python and ist Interface with R for Gene Expression Profile 2019 MSc
Markus Weigel Komparative Visualisierung von bakteriellen Genomen 2019 MSc
Merve Kaya Komparative Genomanalyse von Moraxella catarrhalis bei Patienten mit ambulant erworbener Lungenentzündung 2019 MSc
Julica Herold Bioinformatische und molekulare Analyse von Promotorregionen potenzieller Eischalproteingene aus Schistosoma mansoni 2019 MSc
Marie-Luise Rauber Bioinformatische Analyse des Transkriptoms des olfaktorischen Systems 2019 MSc
Viktor Kratz Physcomitrella patens genome V5 annotation and analysis 2019 MSc
Maike Carina Weber Entwicklung eines Frameworks für maschinelles Lernen für die Vorhersage mikrobieller Phänotypen basierend auf Proteinsequenzen 2019 MSc
André Brezski Die Verkettung von Contigs als Methode zur Qualitätsverbesserung von de novo RNA-Seq-Assemblies 2019 MSc
Patrick Hanel Analyse von elektron. Patientenakten von Bronchialkarzinompatienten ohne Rauchhistorie zur Charakterisierung von Subpopulationen, Prognosenanalyse sowie zur Identifikation von Prädiktoren von Therapien. 2019 MSc
Eduard Fritzler Todintegration in Galaxy 2019 BSc
Ramon Schöndorf Benchmarken verschiedener Mappingtools für short und long reads 2019 BSc
Fabrice Hess Rapid comparative genomics method approach based on best bidirectional blast score ratio values 2019 MSc
Eugen Adam A standardized taxonomy for EDGAR 2019 MSc
Schnecko Fabian Integration von bioninformatischen Programmen in PSOT 2019 BSc
Müller Miriam The GenExVis project - Establishing modules in RNA-seq data visualization 2019 MSC
Fankep Rudel Christian Preparation of databases for various tools and pipelines 2019 BSc
Philipp Niklas Implementation of a pipeline for eurokaryotic gene prediction supported by extrinsic data 2019 BSc
Marina Kiweler MaMPOK - Manage mutliple projects on Kubernetes 2019 MSc
Philipp Goymann Etablierung einer Pipeline für TOBIAS auf Kubernetes 2019 MSc
Maria Stitz Bioinformatische Analyse transkribierter, repetiver W-Elemente im Lebenszyklus von Schistosoma mansoni und vergleichende Omics Studien 2019 MSc
Friederike David Single-cell RNA sequencing reveals impact of Cbl-b on Th0 differentiation 2019 MSc
Peter Grünzner Konvertierung taxonomischer Daten der GTDB in das NCBI-Datenformat 2019 BSc
Johanna Leyhausen Discovery of SNPs in the non-model organism hazel dormouse using RAD-Seq 2019 MSc
Alexander Klingenberger Charakterisierung kurzer Proteinmotive für die differentielle Lokalisierung in Peroxisomen 2019 Msc
Alexander Klein Adaption des MACE -Verfahrens auf die Ion Torrent Plattform 2019 MSc
Sebastian Lieske mmRmeta-R Paket zur Analyse von multimodalen Genen 2019 MSc
Ustjanzew Arsenij An R package für creating interactive & iterative dashboards and analyzing single cell RNA-seq. Data 2019 MSc
Jan-Paul Herrmann Komparative Genomanalyse von Klebsiella spp. aus Patienten mit ambulant erworbener Lungenentzündung 2020 MSc
Julian Manuel Hahnfeld Tracking fo VDJ gene rearrangements as molecular markers in cell free DANN from Non-Hhodgkon lymphoma patients 2020 MSc
Linda Fenske Kommparative Genomanalyse von Streprococcus uberis bei Milchkühen mit klinischer und subklinischer Mastitis 2020 MSc

BIG BSc: Bachelor in Bioinformatics and Genome Research

BIG MSc: Master in Bioinformatics and Genome Research

Bio BSc: Bachelor in Biology (JLU)

Bio MSc: Master in Biology (JLU)

BIS MSc: Master in Bioinformatics and Systemsbiology (JLU)

Inf MSc: Master in Informatics (THM)

GBSB MSc: Master in Genome-based Systems Biology

NWI Dipl.: Diploma of Informatics in the Natural Sciences

NWI MSc: Master in Informatics in the Natural Sciences