Benutzerspezifische Werkzeuge

Information zum Seitenaufbau und Sprungmarken fuer Screenreader-Benutzer: Ganz oben links auf jeder Seite befindet sich das Logo der JLU, verlinkt mit der Startseite. Neben dem Logo kann sich rechts daneben das Bannerbild anschließen. Rechts daneben kann sich ein weiteres Bild/Schriftzug befinden. Es folgt die Suche. Unterhalb dieser oberen Leiste schliesst sich die Hauptnavigation an. Unterhalb der Hauptnavigation befindet sich der Inhaltsbereich. Die Feinnavigation findet sich - sofern vorhanden - in der linken Spalte. In der rechten Spalte finden Sie ueblicherweise Kontaktdaten. Als Abschluss der Seite findet sich die Brotkrumennavigation und im Fussbereich Links zu Barrierefreiheit, Impressum, Hilfe und das Login fuer Redakteure. Barrierefreiheit JLU - Logo, Link zur Startseite der JLU-Gießen Direkt zur Navigation vertikale linke Navigationsleiste vor Sie sind hier Direkt zum Inhalt vor rechter Kolumne mit zusaetzlichen Informationen vor Suche vor Fußbereich mit Impressum


Artikelaktionen

Phylogenetic trees

As the main purpose of EDGAR is the estimation of orthologs among several genomes it is straightforward to infer phylogenetic knowledge from that orthology information.

Gontcharov et al. (2004) showed that the combination of several genes gives superior results when compared to phylogenetic trees derived from single genes like the popular 16s rRNA genes. In a phylogenetic analysis of 12 insect genomes Zdobnov and Bork (2007) recommend the use of all core genes of a set of genomes to maximize the sequence support for the phylogenetic tree. They propose a pipeline for the construction of reliable, core genome based phylogenetic trees which is used in EDGAR in a slightly adapted version.

Phylogenetic Tree
Phylogenetic tree for the public genomes of genus Erwinia calculated with EDGAR.

The pipeline calculates the core genome for a selection of genomes. Every set of orthologous genes found in all genomes is separately aligned using the multiple alignment tool MUSCLE (Edgar, 2004). The alignments are concatenated to one huge multiple alignment that can easily be hundreds of thousand of residues long. A distance matrix is calculated from this alignment and finally a phylogenetic tree is constructed based on this distance matrix using the Neighbor-Joining method. The two latter methods are used in the PHYLIP implementations by Felsenstein (1995). The Neighbor-Joining method was chosen as it is a heuristic approach with a very good computational efficiency, making it well suited for large datasets resulting from the core genome based tree construction.