Benutzerspezifische Werkzeuge

Information zum Seitenaufbau und Sprungmarken fuer Screenreader-Benutzer: Ganz oben links auf jeder Seite befindet sich das Logo der JLU, verlinkt mit der Startseite. Neben dem Logo kann sich rechts daneben das Bannerbild anschließen. Rechts daneben kann sich ein weiteres Bild/Schriftzug befinden. Es folgt die Suche. Unterhalb dieser oberen Leiste schliesst sich die Hauptnavigation an. Unterhalb der Hauptnavigation befindet sich der Inhaltsbereich. Die Feinnavigation findet sich - sofern vorhanden - in der linken Spalte. In der rechten Spalte finden Sie ueblicherweise Kontaktdaten. Als Abschluss der Seite findet sich die Brotkrumennavigation und im Fussbereich Links zu Barrierefreiheit, Impressum, Hilfe und das Login fuer Redakteure. Barrierefreiheit JLU - Logo, Link zur Startseite der JLU-Gießen Direkt zur Navigation vertikale linke Navigationsleiste vor Sie sind hier Direkt zum Inhalt vor rechter Kolumne mit zusaetzlichen Informationen vor Suche vor Fußbereich mit Impressum

Artikelaktionen

Samans, Birgit

Group Leader Bioinformatics

Next-generation sequencing bioinformatics

Genome-wide SNPs and structural genome variation in Brassica napus

Genomic prediction

 

Overview
I am working on the two crops Brassica napus and Sorghum bicolor.
 
Sorghum is a promising alternative to maize for bioenergy production in Europe; however its use is still limited by poor adaption to low temperature during and after germination. Within the multinational European project ERANET-GAS we are developing and applying genomic tools for bio-energy sorghum breeding. A major aim is utilization of genomic prediction strategies to identify and implement genetic variation associated with key adaptive and energy-related traits for European energy sorghum. Among the main target traits are early-stage chilling tolerance and dry matter yield.
 
In Brassica napus we investigate polyploidization-associated genome-wide sequence polymorphisms and structural genome variations, particularly homeologous nonreciprocal translocations (HNRT). Therefore we re-sequenced 27 adapted and 17 resynthesized Brassica napus lines with diverse parental background. As genomes of allopolyploid species have, due to their high rate of redundancy, special requirements for high throughput data analysis we developed adapted pipelines for the bioinformatics analysis of the sequencing data. On one hand we use these data for evolutionary studies on the origins and consequences in allopolyploidisation and on the other hand for analyzing the putative impact of these exchanges on agronomic important traits.
 
Additionally we establish bioinformatics pipelines for the analysis of SNP microarrays in polyploid species including the array-based prediction of copy number variations.
 
Research Keywords
Bioinformatics analysis of polyploid species
Genomic rearrangements
Genetic variations
Homeologous nonreciprocal translocation
Allopolyploidization
Meiosis
Genomic selection
Bioenergy
Brassica
Sorghum

 

IFZ Room B322

Phone (0641) 99 37432

E-mail: Birgit.Samans@agrar.uni-giessen.de