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Polymerasekettenreaktion (PCR)/ quantitative real time PCR

Bei der Polymerasekettenreaktion (PCR) werden bestimmte Nukleinsäureabschnitte, zum Beispiel von Viren, vervielfältigt und später durch Anfärben nach Auftrennung per Gelelektrophorese sichtbar gemacht. Die doppelsträngige DNS wird im ersten Schritt der PCR bei 94°C denaturiert, danach findet bei einer Temperatur von 50-60°C das Annealing (Anlagern der Primer) statt. Die Primer sind kurze einzelsträngige DNS-Abschnitte, die zum Anfang und Ende der zu amplifizierenden Sequenz komplementär sind. Im letzten Schritt wird mit Hilfe von Desoxyribonukleotiden und einer thermostabilen Polymerase bei 72°C eine Neusynthese des definierten DNS-Abschnittes durchgeführt. Diese 3 Reaktionsschritte werden solange hintereinander durchgeführt, bis durch die exponentielle Vervielfältigung eine messbare Menge des DNS-Fragmentes entstanden ist (etwa 30 Zyklen).
Für RNA-Viren muss der Schritt der reversen Transkription (RT) einer PCR vorangehen.
Als Untersuchungsmaterial eignen sich virushaltige Sekrete/Exkrete (Punktat, Tupfer, EDTA-Blut, Liquor, Urin, Kot) und Organmaterial.

Vorteile: geringe Mengen an DNS können nachgewiesen werden, hohe Sensitivität, schnelles Ergebnis, Nachweis von Viren, die nicht auf Zellkultur angezüchtet werden können

Nachteile: hoher apparativer Aufwand

Die quantitative real time PCR beruht auf der Aussendung von Lichtsignalen bei Anlagerung von fluorochrommarkierten komplementären Genomabschnitten. Hierbei korreliert die Menge der Lichtsignale mit der Menge der amplifizierten DNS und wird mit einer Standardverdünnungsreihe in Relation gebracht.