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Personal Homepage of Oliver Schwengers

Contact

Dr. Jochen Bathke


Heinrich-Buff-Ring 58

Raum: 0155

Tel.: +49 (0)641 99 35-816

Tel.: +49 (0)641 99 35-801 (Sekr.) 

 

CV

2020-present Scientific assistant for Deep-iAMR at JLU Gießen, Germany
2014-2019 Scientific assistant for DZIF/TTU HAARBI at JLU Gießen, Germany
2012-2014 Scientific assistant for LOEWE SYNMIKRO at Bielefeld University, Germany
2012 M.Sc. - Genome Based Systems Biology, Faculty of Biology, Bielefeld University, Bielefeld, Germany
2009 B.Sc. - Biology, Faculty of Biology, Bielefeld University, Bielefeld, Germany
2005 School leaving examination (Abitur), Gymnasium Korschenbroich
1985

Born in Mönchengladbach, Germany

Publications

2020

Schwengers, O., Barth, P., Falgenhauer, L., Hain, T., Chakraborty, T. and Goesmann, A., 2020. Platon: identification and characterization of bacterial plasmid contigs in short-read draft assemblies exploiting protein sequence-based replicon distribution scores. Microbial Genomics, DOI:10.1099/mgen.0.000398.

Schwengers, O., Hoek, A., Fritzenwanker, M., Falgenhauer, L., Hain, T., Chakraborty, T. and Goesmann, A., 2020. ASA³P: An automatic and scalable pipeline for the assembly, annotation and higher-level analysis of closely related bacterial isolates. PLoS computational biology, 16(3), p.e1007134, DOI:10.1371/journal.pcbi.1007134.

Schwengers, O., Hain, T., Chakraborty, T. and Goesmann, A., 2020. ReferenceSeeker: rapid determination of appropriate reference genomes. Journal of Open Source Software, 5(46), p.1994, DOI:10.21105/joss.01994.

2019

Falgenhauer, L., Schwengers, O., Schmiedel, J., Baars, C., Lambrecht, O., Heß, S., Berendonk, T.U., Falgenhauer, J., Chakraborty, T. and Imirzalioglu, C., 2019. Multidrug-Resistant and Clinically Relevant Gram-Negative Bacteria Are Present in German Surface Waters. Frontiers in microbiology, p.2779, DOI:10.3389/fmicb.2019.02779.

Falgenhauer, J., Imirzalioglu, C., Falgenhauer, L., Yao, Y., Hauri, A.M., Erath, B., Schwengers, O., Goesmann, A., Seifert, H., Chakraborty, T. and Doijad, S., 2019. Whole-Genome Sequences of Clinical Enterobacter bugandensis Isolates from Germany. Microbiology resource announcements, 8(29), DOI:10.1128/MRA.00465-19.

2018

Perniss, A., Schmidt, N., Gurtner, C., Dietert, K., Schwengers, O., Weigel, M., Hempe, J., Ewers, C., Pfeil, U., Gärtner, U., Gruber, A.D., Hain, T. and Kummer, W., 2018. Bordetella pseudohinzii targets cilia and impairs tracheal cilia-driven transport in naturally acquired infection in mice. Scientific reports, 8(1), p.5681, DOI:10.1038/s41598-018-23830-4.

Falgenhauer, L., Imirzalioglu, C., Oppong, K., Akenten, C.W., Hogan, B., Krumkamp, R., Poppert, S., Levermann, V., Schwengers, O., Sarpong, N., Owusu-Dabo, E., May, J. and Eibach, D., 2018. Detection and Characterization of ESBL-Producing Escherichia coli From Humans and Poultry in Ghana. Frontiers in microbiology, p.3358, DOI:10.3389/fmicb.2018.03358.

2017

Yu, J., Blom, J., Glaeser, S.P., Jaenicke, S., Juhre, T., Rupp, O., Schwengers, O., Spänig, S. and Goesmann, A., 2017. A review of bioinformatics platforms for comparative genomics. Recent developments of the EDGAR 2.0 platform and its utility for taxonomic and phylogenetic studies. Journal of biotechnology, pp.2-9, DOI:10.1016/j.jbiotec.2017.07.010.

Pappesch, R., Warnke, P., Mikkat, S., Normann, J., Wisniewska-Kucper, A., Huschka, F., Wittmann, M., Khani, A., Schwengers, O., Oehmcke-Hecht, S., Hain, T., Kreikemeyer, B. and Patenge, N., 2017. The Regulatory Small RNA MarS Supports Virulence of Streptococcus pyogenes. Scientific reports, 7(1), p.12241, DOI:10.1038/s41598-017-12507-z.

2016

Hilker, R., Stadermann, K.B., Schwengers, O., Anisiforov, E., Jaenicke, S., Weisshaar, B., Zimmermann, T. and Goesmann, A., 2016. ReadXplorer 2-detailed read mapping analysis and visualization from one single source. Bioinformatics, 32(24), pp.3702-3708, DOI:10.1093/bioinformatics/btw541.