Benutzerspezifische Werkzeuge

Information zum Seitenaufbau und Sprungmarken fuer Screenreader-Benutzer: Ganz oben links auf jeder Seite befindet sich das Logo der JLU, verlinkt mit der Startseite. Neben dem Logo kann sich rechts daneben das Bannerbild anschließen. Rechts daneben kann sich ein weiteres Bild/Schriftzug befinden. Es folgt die Suche. Unterhalb dieser oberen Leiste schliesst sich die Hauptnavigation an. Unterhalb der Hauptnavigation befindet sich der Inhaltsbereich. Die Feinnavigation findet sich - sofern vorhanden - in der linken Spalte. In der rechten Spalte finden Sie ueblicherweise Kontaktdaten. Als Abschluss der Seite findet sich die Brotkrumennavigation und im Fussbereich Links zu Barrierefreiheit, Impressum, Hilfe und das Login fuer Redakteure. Barrierefreiheit JLU - Logo, Link zur Startseite der JLU-Gießen Direkt zur Navigation vertikale linke Navigationsleiste vor Sie sind hier Direkt zum Inhalt vor rechter Kolumne mit zusaetzlichen Informationen vor Suche vor Fußbereich mit Impressum


Artikelaktionen

WASP

WASP Poster image

Single cell RNA-seq (scRNA-seq) enables analysis of cellular transcriptomes in an unprecedentedresolution, allowing e.g., the identification of previously undiscovered rare cell populations with corresponding marker genes, detection of heterogeneity between cells of the same type or to follow transcriptional programs of cells during differentiation. Current high-throughput sequencing techniques yield enormous amounts of data that need to be analyzed. Hence, there is need for bioinformatic analysis solutions adapted to the specific challenges deriving from scRNA-seq data.

 

Here we present a versatile application designed for the management, analysis and interpretation of scRNA-seq high-throughput data. The software addresses all aspects from initial quality control, demultiplexing and reference alignment to downstream statistical evaluation. Furthermore, it provides an automated workflow suitable for both non-bioinformaticians as well as experts. The software is available via a web-based interface and supports deployment to local as well as cloud-based compute infrastructures.

Finally, the application has already successfully been applied to various data sets derived from, among others, mouse lung organoid cells.

 

Examplary screenshots:

Heatmap example screenshot

t-SNE example screenshot

 

The software will be published soon.

For further information or requests please .